2016年9月，为积极响应习近平总书记关于“把论文写在祖国大地上，把科技成果应用在实现现代化的伟大事业中”的号召，北航专门成立国内合作委员会，统筹推进国内合作工作。同时，设立国内合作办公室，作为委员会常设办事机构，支撑和保障国内合作委员会战略研究、咨询论证、授权决策、协调督办等职能的发挥。

国内合作办公室在国内合作委员会领导下，积极发挥参谋助手和业务中枢作用，主要开展以下工作：开展国内合作战略研究与分析、提议并组织召开国内合作委员会会议、联系协调国内合作委员会各成员单位以及各校地合作基地共同落实国内合作委员会决议，推动和开展合作业务，共同支撑学校“双一流”大学建设与发展。